jQuery Mobileデフォルトのテーマだとアプリぽい感じがする。
多分もともとそういう方向性で開発されているものだとは思うんですが、スマホ用サイトの場合、アプリというよりはPC用サイトのデザインをスマホ用に最適化した感じになることもあるかと思います。
でも、jQuery Mobileで使える画面遷移のトランジションを使いたいという場合HTMLの修正は結構簡単にいけます。

最低限必要なもの

読み込み元に必要なコード
jquery.mobile.css
jquery.mobile.js

<div data-role=”page”>にbody内の要素を入れる。
aタグには、使いたいモーションの設定 data-transition
スライドの場合は data-transition=”slide”

読み込み先のHTMLでは、
<div data-role=”page”>にbody内の要素を入れる。
あとは、jquery.mobile.cssの適用によって崩れたり表示がおかしくなるところを修正。